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Falta de dinamismo - principalmente no que tange ao feedback - por parte do docente em relação à interação professor-aluno durante a pesquisa;
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Exige certo domínio da pesquisa online por parte do docente a fim de criar um desafio efetivamente motivador e com recursos atuais;
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Possibilidade de desistência ou desmotivação dos alunos pela ausência de flexibilidade da atividade àqueles não contemplados pela relação “desafio x habilidade”, na adequação das ações;
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O seu uso é muito escasso, mesmo com professores motivados para o uso das tecnologias a nível mundial;
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Dado a complexidade que requer a sua construção e, em muitos casos, a difícil implementação em sala de aula, por questões relacionados com tempo de resolução ou com requisitos a nível dos recursos tecnológicos exigidos,é uma metodologia pouco disseminada;
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Falta confiança/formação dos professores nesta tecnologia;
Muito pouco uso das tecnologias do ponto de vista da aprendizagem, e quando usadas são para tarefas rotineiras por parte dos alunos;
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Muitos dos exemplares disponíveis online precisam de melhorias em muitos aspetos. (Bottentuit Junior e Coutinho (2008);
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Muitas das que se encontram disponível na internet, não são verdadeiras WebQuests, ou seja, não passam de simples exercícios onde os alunos se limitam a procurar informação na Web para dar resposta a uma pergunta, quando, para ser uma verdadeira WebQuest a atividade deve incluir tarefas que solicitem a transformação da informação pesquisada e recolhida num novo produto ou numa nova informação que reflita a capacidade dos alunos criarem novos saberes;
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As WebQuest só produzem resultados se forem muito bem planeadas, com tarefas que realmente possam facilitar a aprendizagem e que valorizem a investigação. [Bottentuit Junior, Alexandre e Coutinho (2006)];
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Quando se escolhe sites não confiáveis corre-se dois riscos: o primeiro é a informação ser distorcida ou mesmo plagiada, e outro risco é do site deixar de estar online antes ou durante a realização da WebQuest;
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Segundo Cruz, Carvalho e Almeida, as dificuldades estão em encontrar sites disponíveis sobre o tema e lidar com o desaparecimento da informação online;
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Para um professor conceber uma WebQuest, é preciso algum tempo de dedicação, investigação e recursos que nem sempre estão ao alcance de todos;
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Necessidade de destrezas tecnológicas mínimas por parte dos alunos e professores;Cruz & Carvalho (2006), Sampaio (2006) e Cruz et al (2007);
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Reprodução das informações da Web, quando as actividades não são planificadas de acordo com os princípios de uma WebQuest;Cruz & Carvalho (2006), Sampaio (2006) e Cruz et al (2007);
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As fontes/recursos precisam de ser bem seleccionadas, tanto a nível quantitativo, como a nível qualitativo, se não os alunos correm o risco de não cumprir a tarefa.Cruz & Carvalho (2006), Sampaio (2006) e Cruz et al (2007)
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Com o passar do tempo as fontes/recursos tendem a ficar offline, inviabilizando muitas WebQuests a permanecer bem conseguidas.Cruz & Carvalho (2006), Sampaio (2006) e Cruz et al (2007);